Строительство церкви велось с 1492 по 1622 год, поэтому в его облике присутствуют элименты готики, ренессанса и барокко. В 1793гю аббатство Св. Женевьевы было разграблено, церковь Св. апостолов Петра и Павла осквернили и разрушили. Драгоценные облачения раки Св. Женевьевы ободрали и переплавили, мощи ее сожгли и выбросили пепел в Сену. Чудом сохранилось только несколько обломков от каменного саркофага. Их случайно обнаружили в 1803г. заключили в новую раку, которую поместили перед алтарем Св. Женевьевы в церкви Сент-Этьен-дю-Мон.
