Зюйдеркерк была первой в городе церковью, специально построенной для протестантских богослужений. Ее возвели между 1603 и 1611 годом, она стоит на площади Зюйдеркеркхоф (Zuiderkerkhof), что в переводе на русский означает Южное Кладбище неподалеку от квартала Синт Антонисбреестраат (Sint Antoniesbreestraat). Заметная колокольня, возвышающаяся над окружающими городскими строениями, была завершена лишь к 1614 году, на ней в 1656 году был установлен карильон, построенный братьями Хемони (Hemony).

Дизайн церкви выполнен в стиле Амстердамского Ренессанса Хендриком де Кейзером (Hendrick de Keyser), который был также похоронен в церкви в 1621 году. Мемориальный камень был помещен поверх его могильной плиты в 1921 году. Де Кейзер спроектирова