Летом 1653 началось строительство, а к осени были построены и готовы к освящению две деревянные церкви. Соборный храм был освящён в честь Иверской иконы, а тёплый — во имя святителя Филиппа Московского. Первым настоятелем монастыря Патриарх назначил архимандрита Дионисия.

При первом посещении строящейся обители, Никон переименовал посад Валдайский в село Богородицкое, а также нарёк Валдайское озеро Святым, предварительно освятив его и опустив на дно Евангелие и крест. Сам монастырь в дополнение к прежнему названию был назван «Святоезерским».

В 1653 году под наблюдением Патриарха началось каменное строительство монастырских храмов и зданий. Никон сам освятил новосозданную обитель; по распоряжению Патриарха в феврале 1654 в монастырь из Боровичского монастыря были перенесены святые мощи Иакова Боровичского.
В мае 1654 была жалована царская грамота, закреплявшая за обителью не только Валдайское озеро с островами, но и иные вотчины.

В 1655 в монастырь переселилась братия белорусского Оршанского Кутеинского монастыря в количестве более 70 человек. Среди насельников в то время был будущий Патриарх Иоаким, а также Исакий Полоцкий — брат Симеона Полоцкого. Иноки перевезли с собою на новое место всё своё имущество и типографию. С приходом Кутеинских монахов, начали развиваться книгопечатание и переплётное мастерство.

В 1656 году был закончен строительством Успенский собор. 16 декабря того же года он был освящён. На торжество вместе с Патриархом прибыли митрополиты Новгородский Макарий и Сарский Питирим, архиепископ Тверской Лаврентий и многочисленное духовенство из различных епархий России. Собор отличает простота и монументальность архитектурных форм.

К началу XVIII века монастырь пришёл в упадок. С 1712 по 1730 обитель со всем имуществом и землёй была приписана к строившейся Александро-Невской Лавре.

В 1919 году монастырь был преобразован в Иверскую трудовую артель, насчитывавшую 70 человек, и имевшую 5 гектаров монастырских угодий и 200 гектаров под садами, огородами, пахотой, пастбищами.

В 1927 году артель обследовал Наркомзем, в отчёте которого было отмечено, что трудовая община «слишком тесно связана с Иверской чудотворной иконой». Последнее замечание послужило поводом для снятия артели с регистрации; монашеская община была ликвидирована, а Иверская икона в дорогом окладе увезена в неизвестном направлении.

Впоследствии на территории монастыря были: историко-архивный музей, музей краеведения, мастерские, дом инвалидов для участников Великой Отечественной войны, и лесная школа для детей, больных туберкулёзом.

В 1970-е годы на острове был создан посёлок, а на территории монастыря была открыта база отдыха.
В 1991 году монастырь, находившийся в аварийном состоянии, был возвращён Новгородской епархии. Первым наместником монастыря после передачи его епархии стал игумен Стефан (Попков). В 1998 году архиепископ Лев (Церпицкий) освятил церковь Богоявления. Были возобновлены богослужения в Успенском соборе. В конце 2007 года завершилась комплексная реставрация монастыря.

5 мая 1997 года указом архиепископа Льва наместником монастыря был назначен архимандрит Ефрем (Барбинягра). В июне 2002 года наместническое послушание было переложено на иеромонаха Нила, который в конце 2002 г. погиб в автоаварии. Его сменил иеромонах Никандр, бывший при Ефреме благочинным монастыря. 25 ноября 2007 года указом патриарха Алексия II Ефрем восстановлен в должности, в которой пребывает и по сей день (январь 2009).

11 января 2008 года для освящения восстановленного Успенского (Иверского) собора прибытием в монастырь ожидался Патриарх Алексий. 12 января Патриарх совершил Божественную литургию в соборном Иверском храме (храм получил первоначальное посвящение) монастыря, перед тем совершив чин Малого освящения собора. После литургии Патриарх совершил молебен, на котором присутствовал президент России В.В. Путин.

В апреле 2008 года было сообщено о принятом решении впервые позолотить пять куполов Успенского собора, на что «понадобится около трёх тысяч так называемых „золотых книжек“.»

Есть небольшой музей, посвящённый патриарху Никону и истории монастыря.