Каменная Введенская церковь является самой древней из сохранившихся в Торжке. Она посвящена празднику Введения Богородицы во храм. В литературе встречаются разные датировки возведения каменного Введенского храма. Историки Торжка XIX в., иеромонах Илиодор, священник И. Колосов и архиепископ Тверской и Кашинский Дмитрий, утверждают, что каменная Введенская церковь с колокольней была построена в 1620 г.
Есть предположение, что строителем церкви был архимандрит Иоасаф, впоследствии ставший патриархом Московским и всея Руси. В этом случае называют иную дату построения храма – 1672 г. или 1673 г. П. Д. Малыгин полагает, что Введенская церковь и колокольня строились отдельно. Сначала, до 1661 г., была возведена каменная колокольня, а в 1672 г. – церковь.
Известно, что построена церковь была на месте деревянной (одноименный деревянный храм был сооружен в монастыре при архимандрите Мисаиле в 1552- 1586 гг.), сожженной поляками в 1609 г. вместе с его настоятелем Константином, 17-ю монахами, укрывшимися на колокольне, и некоторыми жителями Торжка. Впоследствии Константин почитался в городе как святой.
Архитектурный облик Введенской церкви представляет собой сочетание простых форм и нарядного декора.
Кубообразная, одноглавая, бесстолпная, с одной апсидой, она поначалу, видимо, не была оштукатурена и имела открытый красный цвет кирпича в сочетании с резными белокаменными декоративными деталями. Оконные проемы подчеркнуты муфтированными полуколоннами и увенчаны килевидными «очельями». Причудливая лепнина придавала храму праздничный вид. К сожалению, она почти не сохранилась. Исследователи полагают, что Введенская церковь принадлежит к московской архитектурной школе XVI-XVII вв., так называемому нарышкинскому барокко. Храм играл значительную роль в монастырском богослужении, ведь он был теплым при холодном Борисоглебском соборе. Здание церкви двухэтажное. В нижнем этаже располагались различные кладовые и амбары, братская трапезная с кухней, а в верхнем – церковь.
В 1801 г., как сообщает архиепископ Дмитрий, церковь была внутри «расписана священными изображениями». В 1833 году церковь была перестроена: бывший алтарь обратили в пономарскую комнату, часть церкви - в алтарь, а другую, с трапезной, в церковь. Тогда же здание было оштукатурено, белокаменный декор заменили гипсовым.
В 1879 году на средства новоторжского купца Иоакима Карповича Штанковского с левой стороны церкви был устроен придел во имя святых праведников Иоакима и Анны. Тогда же появилось новое крыльцо с лестницей из дорогого тесаного камня. В 1887 году вызолочена главка храма и сооружена духовая печь. Печная труба из красного кирпича с флюгером и по сей день обращает на себя внимание.
Безусловным украшением ансамбля Борисоглебского монастыря является каменная шатровая многоярусная колокольня. Первоначально колокольня была одноярусной с шатровым завершением, но в 1717 году надстроена. Оканчивается она восьмигранным шпилем с шаром из жести с небольшим железным крестом. Колокольня с ритмично убывающими восьмериками представляет собой традиционный для древнерусской архитектуры тип ярусной композиции.
В 1930 г. Введенскую церковь закрыли. Ее убранство и иконы были утрачены. В 1997 г. храм возвращен монастырю. В нем сразу же начались восстановительные работы. 24 июня 1998 г., в день памяти Ефрема Новоторжского, во Введенской церкви была проведена первая литургия, и с того времени возобновились церковные службы в монастыре.