В подкупольном пространстве над главным алтарём находится шедевр Бернини — огромный, высотой 29 м балдахин на четырёх витых колоннах, на которых стоят статуи ангелов.Среди ветвей лавра на верхних частях колонн видны геральдические пчелы семейства Барберини. Бронзу для кивория взяли из Пантеона, разобрав по приказу папы Урбана VIII (Барберини) конструкции, которые поддерживали крышу портика. Сквозь балдахин видна находящаяся в центральной апсиде и также созданная Бернини кафедра св. Петра. Она включает поддерживаемое четырьмя статуями отцов церкви кресло св. Петра, над которым парит в сиянии символ Святого Духа. Справа от кафедры — надгробие папы Урбана VIII работы Бернини, слева — надгробие Павла III работы Гульельмо делла Порта, одного из учеников Микеланджело.