Никольская церковь с примыкающими к ней двухъярусными больничными палатами была возведена в 1669 году в северо-восточной части монастыря. Это бесстолпная одноглавая церковь с выразительными порталами, простые фасады которой украшены закомарами и наличниками с кокошниками. Сводчатый зал на первом этаже был отведён под трапезную, на втором этаже помещались больничные покои.
Никольская церковь реставрировалась в 1968—1974 и 1999—2006 годах. В первый период была восстановлена первоначальная объёмно-планировочная структура и архитектурная форма здания, воссозданы своды, барабан с главкой, двухэтажная паперть, оконные и дверные проёмы, а также декоративное убранство фасадов. В начале XXI века была заменена деревянная кровля на основном объёме церкви и её алтарной части, выполнена работы в интерьере и произведена вычинка кирпичной кладки и обмазка фасадов.