К весьма примечательным для истории монастыря постройкам относится тюремный корпус, где в 1766г. по указу Екатерины II была организована тюрьма для «безумствующих колодников», иначе говоря, политических преступников. Первоначально узников помещают в больничный корпус, но так как его не хватает, в XIX веке тюрьма расширяется, и монастырские постройки возле Никольской церкви перестраиваются в корпус с камерами-одиночками, а вокруг них строится высокая глухая каменная стена. Суздальская тюрьма имела печальную славу одной из самых жестоких в России. В 1905-1907гг. она была упразднена, но ненадолго. Уже в 1923г. монастырь, из которого были изгнаны последние 15 монахов, снова получает статус тюрьмы. Сейчас экспозиции в тюремном корпусе посвящены как истории заключенных царской России, так и узникам политизолятора советских времен.