До наших дней сохранялось только здание пятикупольного собора в стиле классицизма с безупречностью пропорций, но иконы, писанные А. Боровиковским, почти все погибли.Теплая Введенская каменная церковь с колокольней воздвигнута была в 1620 году на месте древней деревянной церкви, истреблённой поляками в начале ХVII века. В ней был сожжён архимандрит Константин с братией.В 1879 году при архимандрите Антонии усердием купца И.К.Штанковского на левой стороне сей церкви устроен придел во имя св. праведных Богоотец Иоакима и Анны, который был освящен в том же году.Между Введенской церковью и настоятельскими кельями стоит небольшая каменная, вероятно, построенная в 1717 году, церковь, бывшая дол гое время без иконостаса и освящения. После того, как разобрали древнюю Борисоглебскую церковь, она была снабжена старым иконостасом и образами; в 1786 году освящена архимандритом Макарием II по благословению Тверского Архиепископа Иоасафа во имя Христа Спасителя, в воспоминание Входа Его в Иерусалим. На месте бывшей каменной церкви Воздвижения Честного Креста Господня в 1804-1811 годах, построена церковь над святыми вратами во имя Спаса Нерукотворённого Образа с колокольней в три яруса. Колокольня своей стройностью и красотой придаёт величественный вид всей обители. Последним сооружением Борисоглебского монастыря стала Свечная башня, построенная в 1809 году. Она завершила комплекс монастырских башен и стен, строившихся с 1734 года. В ней располагалась монастырская библиотека, в которой по преданию Карамзин работал над "Историей государства Российского".При монастыре были построены две каменные часовни: первая, сооружённая в 1811 году, находилась непосредственно при монастыре; другая, уступлённая Городской думой в 1807 году, располагалась у реки Тверцы.В 1717 году был построен настоятельский корпус, каменный в два этажа. Другой корпус, совершенно отдельный, тоже каменный, двухэтажный, состоял из одних братских келий и устроен был в 1818-19 годах.В ряду монастырской стены, рядом с колокольней, в 1811 году выстроен двухэтажный флигель. В нижнем этаже помещались странники и приходящие богомольцы.Кроме того, внутри монастыря имелся одноэтажный каменный флигель, примыкавший к настоятельским келиям, где помещались разные монастырские службы.Процветание монастыря продолжалось до революции 1917 года. А затем он, как и большинство русских монастырей, разделил судьбу своей страны. В 1919 году уполномоченные наркомата юстиции вскрыли гробницу, обнаружили рядом с мощами преподобного Ефрема ещё одну голову, о чём был составлен специальный протокол. В 1925 году братию распустили, а в монастыре на целых полвека разместили тюрьму строгого режима. За тем был лечебно-трудовой профилакторий для алкоголиков, а в последние годы разместился Всероссийский историко-этнографический музей. Дирекция музея предпринимала значительные усилия для реставрации изрядно изуродованного тюрьмой архитектурного ансамбля. Но восстановлению подверглись только Свечная башня да участок крепостной стены, окружающей монастырь.В 1993 году было принято решение о совместном использовании монастыря музеем и православной церковью. По благословению Архиепископа Тверского и Кашинского Виктора настоятелем монастыря становится игумен Вассиан (Кураев).Приезжают в обитель и пять монахов. Но только в 1995 году поселяются они на территории монастыря, в одноэтажном корпусе, построенном когда-то для содержания заключённых. В этом же году монастырь посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II во время празднования 400-летия Нило-Столобенской пустыни.Первое здание архитектурного ансамбля Борисоглебского монастыря (Введенский зимний храм) было передано монахам лишь в декабре 1997 года. Сразу же начались работы по его восстановлению, и 24 июня 1998 года в день памяти св. преп. Ефрема Новоторжского возобновилась литургическая жизнь в стенах древнейшего Борисоглебского монастыря. С этого времени Божественная литургия совершается каждый день.

Борисоглебский монастырь со времени своего существования перенёс множество тяжких бедствий. Вместе с отечеством своим он пре терпел неоднократные опустошения и разорения. Трижды монастырь горел в междоусобных войнах в 1167, в 1181, 1372 годах. В 1237 году подвергся нападению монголо-татар. От Литвы и поляков обитель страдала дважды. Первый раз - во времена великого князя Александра Невского, а 1258 году, когда литовцы захватили город Торжок, разорили монастырь и разогнали братию. Другой раз - в 1609 году, в царствование Василия Шуйского. Монастырь с городом были разорены поляками; деревянная церковь Введения Пресвятой Богородицы была сожжена, и в ней погибли в пламени архимандрит монастыря Константин с братией и некоторыми людьми. Но замечательно, что при всех гибельных разорениях каменная церковь, построенная преподобным, оставалась целой и неповреждённой.После столь многократных разорений и опустошений Борисоглебская обитель была приведена в такую нищету и бедность, что в конце ХIУ - начале ХУ веков в ней не было ни одного инока, знавшего грамоту, достояние монастыря по описи было очень скудным.Далее начинается новый период времени для обители. Это период её благоустройства, процветания и возвышения, которых она достигла усердием и ревностью своих настоятелей. Одни из них предпринимали много ходатайств пред государями, испрашивая у них различные средства для благоустройства обители, и в этом имели благополучный успех. Другие настоятели своим влиянием располагали к значительным пожертвованиям благотворительных лиц, которые на свои средства сооружали и исправляли многое в монастыре, служившее к украшению его. Но единственное общее стремление у всех настоятелей к возвышению обители - это строгая иноческая жизнь, соблюдение церковных уставов и продолжительные богослужения в духе древнего православия, что и было главной причиной возвышения обители.
Первая и древнейшая церковь в Новоторжском Борисоглебском монастыре была каменная, с одним престолом. Сооружена она была в 1038 году во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба пре- подобным Ефремом и трудами ученика его преподобного Аркадия. В ней они оба были погребены после кончины. В 1577 году, вскоре после открытия св. мощей преподобного Ефрема, архимандритом монастыря Мисаилом в церкви, построенной преподобным, с правой стороны, построена была придельная церковь во имя новоявленного Новоторожского чудотворца, преподобного Ефрема; а в 1589 году с левой стороны - другая, во имя св. богоотец Иоакима и Анны.В 1784 году при преосвященном Иоасафе, епископе Тверском, и архимандрите монастыря Макарии постановили старую каменную церковь, построенную преподобным Ефремом, разобрать и построить новую. Древний иконостас каменной церкви частью помещен был в 1786 году в новоосвященной Входоиерусалимской церкви.При заложении нового храма, соборной трёх престольной Борисоглебской церкви, присутствовала лично Императрица Екатерина II своими руками 9 июня 1785 года положила она первый краеугольный камень. Построение всего собора, сооружение иконостаса и живопись святых икон производились под смотрением сведущего в архитектуре действительного статского советника и кавалера Николая Александровича Львова и новоторжского архитектора Франса Ивановича.Все местные большие и малые иконы были писаны в 1795 года известным художником Российской Императорской Академии поручиком Боровиковским. Иконостас был сделан деревянный, резной, покрыт червонным золотом. Храм устроили с тремя престолами в одну линию. Придел Иоакима и Анны переименован в новом храме в придел Великомученицы Екатерины, в честь императрицы Екатерины. В 1839-40-х годах храм был обновлён, переделан и освящен Преосвященнейшим Григорием на новом антиминсе 1 июня 1841 года, при архимандрите Сергии IIIКупол храма - шарообразный, наподобие храма Христа Спасителя в Иерусалиме.Среди храма, на правой стороне, между колоннами, на довольно возвышенном пьедестале были поставлены мощи преподобного Ефрема в серебряной раке, под бронзовой сенью, украшенной венецианским бархатом с золотою бахромою и кистями, а на левой стороне, на таком же пьедестале и под такой же сенью, помещена была серебряная рака с мощами преподобного Аркадия. Внутренние стены и колоны были сделаны под мрамор. Престолов сооружено три: средний - во имя св. благоверных князей Бориса и Глеба, на правой стороне - во имя преподобного Ефрема, а на левой - во имя преподобного Аркадия.Главный престол был сделан из серебра, с колоннами и карнизами и местами позлащён. До революции внутреннее убранство собора оставалось таким же.

Он был для них образцом высоких иноческих подвигов. День проводил он в трудах для благоустройства своей обители, а ночь в коленопреклонении и молитвах. За высокие христианские добродетели свои преподобный был поставлен в своей обители архимандритом и до самых последних минут отхода своего в вечность никогда не оставлял церковного богослужения и не изменял своего монашеского правила. Получив откровение о приближающемся часе смертном, созвал братию своей обители и преподал им наставление, чтобы соблюдали строго братолюбие, оказывали странноприимство, подавали милостыню, соблюдали пост, непрестанно молились и имели в сердце своём страх Божий, завещал также положить в свой гроб голову убитого брата, которую тайно хранил все годы.Преподобный Ефрем 28 января 1053 года всецело предал дух свой Богу, прожив тридцать восемь лет после убиения благоверных князей Бориса и Глеба. Тело его было погребено в созданном им храме, в каменном гробе, иссечённом его руками.

Более пяти столетий святые мощи преподобного Ефрема покоились в недрах земли и остались нетленны и невредимы. Он предстательствовал перед Господом за устроенную им обитель, которая, возрастая и возвышаясь, приходила всё более и более в цветущее состояние, привлекал к себе усердных почитателей и благотворителей. Несмотря на тяжелые те времена г. Торжка, когда он был неоднократно разоряем и сжигаем, обитель преподобного Ефрема охраняема была одна, как святыня Господня. В царствование Иоанна Грозного архиепископ Новгорода и Пскова Леонид проезжал мимо Торжка. В обители преподобного Ефрема он расспрашивал о его мощах. Когда братия указали место, где лежало тело его, владыка с великим благоговением повелел открыть гроб. Тотчас весь храм наполнился благоуханием от мощей преподобного, которые были нетленны. Немедленно поспешили сообщить об этом царю и митрополиту Московскому Корнилию. Царь и Святитель, исполненные духовной радости и любви к преподобному, повелели освидетельствовать нетление мощей, что и было сделано торжественно и весна родно. И с этого времени установлено празднование памяти преподобного 10 февраля - день его преставления, и 24 июня - день открытия его чудодейственных мощей.Ровно через сто лет после обретения мо щей преподобного Ефрема открыты были мощи преподобного Аркадия, находившиеся в земле более шести столетий.Преподобный Аркадий родился в начале ХI века в городе Вязьме, происходил из рода купцов Сырейщиковых, отличавшихся особой религиозностью. С малых лет, возлюбив сердцем и душой Господа, он всю жизнь посвятил служению Ему. Прикрывая свою высокую ангельскую жизнь юродством, он днём веселил и удивлял недальновидных своей детской просто той, незлобием и мнимым неведением всех нужд мирских и потребностей житейских, а ночь про водил в молитвенной беседе с Богом, на камне, близ собора. Когда случалось быть крестному ходу куда-нибудь из собора, Аркадий за два дня брал метлу, шёл и очищал улицы, начиная от собора до той церкви или того места, куда совершался крестный ход. Вскоре люди стали узнавать об ангельской жизни преподобного Аркадия. В то время преподобный Ефрем из Торжка неоднократно ходил в Киев к более опытным старцам-подвижникам. Однажды на пути из Киева зашел он в Вязьму, узнал юношу-подвижника Аркадия, благословил его на преуспеяние в духовном совершенстве. С тех пор Аркадий стал посещать преподобного Ефрема. А со временем, укрепившись в под вигах духовных, оставив дом свой, он ушел навсегда в Торжок, сподобился там от преподобного Ефрема иноческого образа, был одним ревностным и усерднейшим помощником в построении Борисоглебской обители, и, прожив в ней несколько лет, преставился и мирно отошёл к Господу. Тело его было погребено рядом с телом учителя и наставника, преподобного Ефрема.Жители Торжка и окрестных мест многократно испытывали над собой силу благодатных действий преподобного Аркадия и явно видели благоволение к нему Господа Бога. С верой и молитвой обращаясь к нему, они всегда получали ходатайством его облегчение в болезнях и избавление в скорбях. В снах и видениях нередко являлся преподобный жителям г.Вязьмы и спасал их от бед и скорбей. Всенародная молва и всеобщее мнение о его святости, его высоких подвигах духовных вполне подтвердились нетлением его мощей, обретение и перенесение которых празднуется 27 августа, память же преподобного Аркадия совершается 26 декабря.С той поры множество чудес совершалось от мощей и по молитвам преподобных Ефрема и Аркадия Новоторжских.

Церковь причислила страстотерпцев князей Бориса и Глеба к лику святых.Горькая и тяжелая потеря св. князей и брата Георгия тронула до глубины души преподобного Ефрема. Он отправился на место трагедии, дабы по православному обычаю предать тело брата земле, но обнаружил там лишь его отрубленную голову, которую забрал с собой. Потрясённый совершённым здесь злодеянием, от природы набожный и религиозный, он решился оставить мир, дом, отечество, богатство, свой сан боярский и искал уединения. Осенённый благодатью Божией, он решил всего себя посвятить Богу. Из Киева преподобный при шел в землю Древлянскую и рядом с нынешним городом Торжком устроил странноприимный дом на реке Дорогоще, где с глубоким смирением и христианской любовью ходил за больными и всем служил сам, давая приют и успокоение всем страждущим и обремененным житейскими недугами и страстями тленного мира. Особенное Божие Провидение через несколько лет указало ему другие подвиги и другое место, а именно - иноческие под виги и устроение обители ещё ближе к Торжку на берегу р. Тверцы, на горе. Здесь он устроил обитель, а в 1038 году с сотрудниками своими и соучастниками душеспасения соорудил каменный храм во имя святых князей и страстотерпцев Бориса и Глеба, отчего и монастырь сей получил название Борисоглебский. Молитвенно-хвалебными песнями и славословием к Богу, возвышаясь всё более и более в духе Христовом, преподобный со брал около себя множество монахов.

В то время войны, нашествия, междоусобия, коварства и убийства были особенно сильны в России. Печенеги, особенно дикий и свирепый тогда народ, своими набегами опустошали русские пределы. Равноапостольный князь Владимир приказал в 1015 году сыну своему Борису отразить печенегов, которые нападали на юго-восточные пределы России. Молодой князь с радостью отправился в поход на врагов. В числе дружины были Моисей и Георгий; самому же Ефрему по особенному устроению Промысла Божия не случилось быть в этом походе. Неприятели ещё ранее прибытия Бориса бежали, и князь радостно возвращался домой. На дороге застигла их весть, что князь Владимир скончался и Святополк, усыновлённый племянник Владимира, желая один владеть Русской землёй, объявил себя великим князем и послал убийц погубить Бориса и Глеба. Борис не хотел допустить и мысли о злобе и коварстве старшего брата и не принял никаких предосторожностей. Вскоре, в ночь с субботы на воскресенье, убийцы, присланные Святополком, ворвались в княжеский шатёр и бросились на князя с копьями. Брат Ефрема Георгий, пытаясь защитить господина, загородил его своим телом, был пронзён копьями и умер. Убийцы не смогли снять с него золотую гривну, подаренную Борисом, и отрубили ему голову. А благоверного князя, исколотого, но ещё живого, отвезли к Святополку, который повелел довершить злодеяние - вонзить меч в сердце страстотерпца. Это произошло 24 июля 1015 года на берегах реки Альты, в нынешней Полтавской губернии. Другой брат Ефрема Моисей спасся от смерти и принял монашество в Киево-Печерском монастыре.Вслед за тем, 5 сентября 1016 года, убит был и князь Глеб. Он, подобно брату, зная о злых намерениях Святополка, не захотел воевать против него. Братья-мученики были с почестями погребены в Выш-городе. При перезахоронении всем открылось, что тела остались нетленны, а спустя некоторое время от могилы мучеников начались многие чудеса и исцеления.