Израиль находится на юго-западе Азии, на восточном побережье Средиземного моря (береговая линия — 230 км). На севере граничит с Ливаном, на северо-востоке — с Сирией, на востоке — с Иорданией, на юго-западе — с Египтом. На юге находится Красное море (береговая линия — 12 км).
Протяжённость страны с севера на юг — 470 км, с востока на запад в самом широком месте — 135 км. Общая протяжённость границ Израиля — 1125 км.
Площадь Израиля внутри границ и линий прекращения огня, включая территорию палестинской автономии, — 27,8 тыс. км², из которых 6,22 тыс. км² приходятся на Иудею, Самарию и сектор Газа, занятые Израилем в ходе войны 1967 г.

Границы
С точки зрения международного права, территория и границы Израиля окончательно не определены. Сам Израиль, вследствие различных факторов, также воздерживается от официального определения своих границ; ряд израильских юристов считают, что территория вообще не является обязательным элементом государства.
Существуют несколько возможных вариантов определения территории Израиля:
Резолюция ГА ООН № 181/11 от 29 ноября 1947 года, которая не была признана арабскими странами и не была ими выполнена, остаётся единственным международно-правовым документом, в котором зафиксирована территория еврейского государства. Этот документ предусматривал включение в еврейское государство Восточной Галилеи, Изреельской долины, большей части приморской равнины и пустыню Негев; в арабское государство — Западной Галилеи, гор Иудеи и Самарии (за исключением Иерусалима) и части приморской равнины от Исдуда (Ашдода) до границы с Египтом. Иерусалим и Вифлеем должны были стать территориями под международным контролем.
Суверенная территория Израиля, сложившаяся в результате Войны за независимость 1949 года (признана де-факто большинством стран мира), приблизительно равна 20 770 км², из которых 2 % заняты водой.
Территория, на которую позже был распространён суверенитет Израиля, включая Восточный Иерусалим и Голанские высоты равна 22 072 км².
Полная площадь территории, контролируемой Израилем, включая Палестинскую автономию и территории, занятые во время Шестидневной войны, составляет 27 799 км².
Египетско-израильская граница была установлена по границе мандатной территории Палестины и закреплена договором от 26 марта 1979 года.
Иорданско-израильская граница зафиксирована договором от 26 октября 1994 года по линии между Британской подмандатной Палестиной и Эмиратом Трансиорданией с некоторыми незначительными отличиями.
Границы Израиля с Ливаном и Сирией официально не урегулированы. Существует так называемая «голубая линия», граница Израиля и Ливана признанная ООН, однако остаётся спорной территория Фермы Шебаа. Израиль и Сирию разделяет «линия прекращения огня», где по решению Совета Безопасности ООН после Войны Судного дня (1973) была создана буферная зона.

«Оккупированные территории»
Оккупированными территориями ООН считает Западный берег реки Иордан, Восточный Иерусалим и Голанские высоты. Контроль над этими территориями Израиль получил в 1967 году, в результате победы в Шестидневной войне. Основой для переговоров по этим территориям служит резолюция ООН № 242 от 1967 года, которая призывает Израиль уйти с занятых им территорий в обмен на мир с арабскими государствами (принцип Мир в обмен на территории).
Западный берег и Сектор Газы населены преимущественно палестинскими арабами, среди которых значительное число беженцев. С 1967 по 1993 годы население этих территорий находилось под административным контролем израильской военной администрации. В 1973 году, после Войны Судного дня, было созданно поселенческое движение для восстановления исторических еврейских поселений в Иудее, Самарии и Секторе Газы. В 1980 году Израиль официально аннексировал Голанские высоты и Восточный Иерусалим, предложив местному населению израильское гражданство.
После заключения соглашений о взаимном признании между правительством Израиля и руководством Палестинской автономии большая часть арабских населённых пунктов Западного берега и Сектора Газы перешло под юрисдикцию палестинской администрации. Тем не менее, значительная часть этих территорий осталась под израильским военным контролем. В ответ на увеличение атак террористов во время Второй интифады, в 2003 году началось строительство на Западном берегу Забора Безопасности по образцу подобного сооружения на границе с Сектором Газы.
В прошлом термин «оккупация» также использовался применительно к Синайскому полуострову, который был передан Египту в 1979 году в процессе заключения Израильского-Египетского мирного договора.
Сектор Газы также определялся ООН как оккупированные территории. В 2005 году в результате плана одностороннего размежевания премьер-министра Ариэля Шарона, Израиль вывел из Сектора Газы войска и уничтожил все еврейские поселения. Также были разрушены 4 поселения в северной части Самарии. В результате вооружённого переворота, власть внутри зоны была захвачена у Фатха радикальным движением Хамас. В настоящее время, пытаясь ослабить Хамас, Израиль контролирует воздушное пространство и прибрежные районы сектора. Кроме того, Израиль контролирует перемещения жителей и торговлю Сектора Газы с остальным миром за исключением «Филадельфийского коридора» на южной границе Газы, который контролирует Египет.

 

Геология и рельеф
Несмотря на свою небольшую территорию, Израиль отличается значительным географическим разнообразием: от пустыни Негев на юге до горных цепей Галилеи, Кармель и Голанских высот на севере. На востоке центрального плато располагается Иорданская долина, которая сформировала относительно небольшую по размерам (6500 км²) «Большую Долину». К югу от Мёртвого моря простирается пустыня Арава, заканчивающаяся Эйлатским заливом на Красном море. Для Израиля и Синайского полуострова уникальны кратеры («махтеши») или «эррозионные амфитеатры». Кратер Рамон в Негеве является самым большим кратером этого рода в мире, размером 40 км в длину и 8 км в ширину.
Израиль не отличается богатством природных ресурсов. В стране есть нерентабельные месторождения меди, незначительные — природного газа и нефти. Добываются фосфориты (по объёму их добычи Израиль занимает 8 место в мире), сера, марганец, известняк, мрамор. В воде Мёртвого моря содержатся значительные количества калийной соли и брома.
Плато Негев занимает примерно половину территории Израиля и простирается от Иудейской пустыни (между Иерусалимом и Мёртвым морем) на севере до залива Акаба на юге. Для этого пустынного района, сложенного известняками, характерны различные формы аридной денудации.

 

В Израиле типичный субтропический средиземноморский климат. В Галилее выпадает 1080 мм осадков в год. В окрестностях Эйлата в среднем бывает 20 мм осадков в год. 700 мм выпадает в горах Иудеи и 100 мм на востоке Негева.
Температура в Израиле варьируется в широких пределах, особенно в течение зимы. В горных регионах может быть холодно, иногда идёт снег. Пик горы Хермон покрыт снегом большую часть года, в Иерусалиме обычно случается, как минимум, один снегопад в году. В то же время прибрежные города, такие как Тель-Авив и Хайфа, имеют типичный средиземноморский климат с прохладной дождливой зимой и долгим жарким летом. Самая высокая температура в Азии (+53,7 °C, или +129 °F) была зафиксирована в 1942 году в киббуце Тират Цви, расположенном в северной части Иорданской долины. С мая по сентябрь осадки в Израиле выпадают редко.

Водные ресурсы
Водные ресурсы страны ограничены. В последние годы в Израиле ощущается острая нехватка воды. 2008 год был официально объявлен годом засухи. В среднем за год выпадает 6 км³ осадков. В подземных водах содержатся значительные примеси бикарбонатов, что делает их жёсткими. Наличные ресурсы пресной воды оцениваются приблизительно в 1,8 км³ в год. Эта сумма того, что дают малые реки, ручьи и родники (1,1 км³), река Яркон и её притоки (0,215 км³); 0,32 км³, приходящихся на долю израильской части реки Иордан и ещё 0,18 км³ теоретически можно получить, собирая все воды дождевых потоков и очищая сточные воды. Первый завод по опреснению морской воды был построен в 1974 году в Эйлате. В настоящее время Израиль опресняет чуть более 0,13 км³ воды. Для водоснабжения также используются подземные резервуары.

Крупнейшей рекой в стране является Иордан, длина которого составляет 300 км. Иордан течёт с севера на юг через озеро Кинерет и впадает в Мёртвое море.[39] Иордан является одной из трёх не пересыхающих летом рек, наряду с Кишоном (Нахр-аль-Мукатта) длиной 13 км, впадающим в Средиземное море около Хайфы и Ярконом (26 км), впадающим в Средиземное море в районе Тель-Авива.

Озеро Кинерет — самое большое пресное озеро в стране. Его площадь составляет 166 км² при длине 21 км и ширине 10 км. Кинерет расположено на отметке 212 м ниже уровня моря. Мёртвое море является вторым по солёности озером в мире (самое солёное — озеро Ассаль в Джибути). Кроме того, это самая низкая точка на земной поверхности — 417 м ниже уровня моря. В Мёртвое море впадают несколько пересыхающих ручьёв и река Иордан.

Почвы
Несмотря на небольшой размер страны, её почвы характеризуются огромным разнообразием. Это объясняется их различным происхождением, свойствами и различной природой эрозии (ветряной и водной), материнскими породами (базальт, различные осадочные породы, песчаные дюны, аллювий и т. д.), климатом (от засушливого на юге и влажного на севере) и топографией. Серозёмы и бурые пустынно-степные почвы расположены во внутренних районах Израиля, в то время как на побережье чаще всего встречаются субтропические краснозёмы. Большинство почв страны обладают низким плодородием.

Флора 
В Израиле сходятся границы трёх растительных поясов: средиземноморского, ирано-туранского и сахаро-синдского. В стране насчитывается примерно 2600 видов растений (250 — эндемичные) из 700 родов, входящим в 115 семейств. В стране создано около 160 заповедников и заказников. По состоянию на июль 2007 года в Израиле был 41 национальный парк. В 1948 году в стране насчитывалось всего около 4,5 млн деревьев, в конце 1990-х годов — более 200 млн 70 % современных израильских лесов посажены в XX и XXI веках. Лесные участки встречаются в Галилее, Самарии, на Иудейских холмах и на горной гряде Кармель.
60 % территории Израиля — пустыня, из остальных 40 % больше половины — каменистая почва холмов и горных районов.
С 1964 года действует Управление по охране природы, которое следит за сохранностью ландшафтов совместно с Обществом по защите окружающей среды.
В лесопосадках чаще всего сажают альпийскую сосну, акацию и эвкалипт, в то время как для озеленения населённых пунктов используют кипарис, казуарину, фикус, тамариск, олеандр и фисташку.

 

Фауна
Фауна насчитывает около 100 видов млекопитающих (наиболее известные — леопард, гепард, каракал, рысь, камышовый кот, волк, шакал, полосатая гиена, средиземноморская лисица, барсук, одногорбый верблюд, газель, лань, гривистый баран, антилопа, нубийский горный козёл, орикс, дикий кабан, африканский буйвол), примерно 500 видов птиц (распространены белоголовый сип, ястребиный орёл, большой подорлик, бородач, чёрный гриф, коршун, канюк, несколько видов сокола, стервятник, ястреб-перепелятник, сычи и совы: сипуха, филин, неясыть; страусы; водятся аисты (два вида), цапли (четыре вида), пеликаны, удоды, сойки, чайки, вороны (три вида), каменные куропатки, перепела, несколко видов попугаеобразных и др. В городах: сизый голубь, малая горлица, воробьи (несколько видов), ласточки и др.), приблизительно 100 видов рептилий и 7 видов амфибий. Более половины видов птиц постоянно обитают в стране, остальные являются перелётными. В Средиземном и Красном морях обитают дельфины и дюгони. В мае 2008 года национальной птицей Израиля был выбран удод — более 35 % проголосовавшего населения высказались в пользу этой птицы.

Экологическое состояние
Экологические проблемы Израиля связаны с нехваткой воды, перенаселением, промышленными выбросами и отходами. Согласно отчёту Environmental Performance Index, составленном в 2008 году специалистами Йельского и Колумбийского университетов в США, Израиль занял 49 место из 149. Состояние водных источников, истощённых в результате роста потребления воды, вызывает наибольшее беспокойство. В июле 2008 года уровень воды в озере Кинерет был на 228 см ниже верхней (оптимальной) линии. Мёртвое море недополучает воды из реки Иордан и высыхает с 1970-х годов.
В то же время, Израиль является одной из немногих стран, в которых отмечается рост лесных насаждений. Израиль получил максимальные оценки в рейтинге Environmental Performance Index за мероприятия по защите озонового слоя и вымирающих видов растений и животных.